Với Charles VIII:

• Charles Orland, Trữ quân nước Pháp (11 tháng 11 năm 1492 – 16 tháng 12 năm1495). Đứa con trai khỏe mạnh duy nhất của bà, chết vì bệnh sởi khi mới 3 tuổi. An táng tại Nhà thờ Tours.
• Francis (tháng 8 năm 1493). Anne có thai cuối năm 1942 đầu năm 1493 nhưng đi cùng chồng khắp mọi nơi;bà đã chuyển dạ trong một lần lái xe trong rừng Courcelles và đứa trẻ sinh non và chết non. An táng tại nhà thờ Đức Bà Cléry.
• Con gái chết non (tháng 3 năm 1494). Trong lần mang thai thứ ba, Anne tránh đi du lịch (thay vào đó cư trú tại Amboise gần Dauphin). Tuy nhiên, vào tháng 2 năm 1494, cô đi cùng nhà vua đến Lyon, nơi ông đang chuẩn bị khởi hành cho Chiến tranh Ý. Sau khi đến vào ngày 15 tháng 3, cô đã tham dự tất cả các nghi lễ; sự căng thẳng của dịp này khiến cô rơi vào tình trạng chuyển dạ sớm, và đứa trẻ chết non.
• Con gái chết non (tháng 3 năm 1495). Bà đã mang thai lần nữa vào cuối năm 1494, nhưng mất đứa con ngay sau đó.
• Charles, Trữ quân của Pháp (8 tháng 9 năm 1496 - 2 tháng 10 năm 1496). Cái chết của đứa bé đã khiến Anne tạm thờivề Moulins trong tuyệt vọng. An táng tại Nhà thờ Tours.
• Francis, Trữ quân của Pháp (tháng 7 năm 1497). Đứa bé chết vài giờ sau khi sinh. An táng tại Nhà thờ Tours.
• Anne của Pháp (20 tháng 3 năm 1498). Cô qua đời vào ngày sinh tại Château de Plessis-lez-Tours. An táng tại Nhà thờ Tours.

Với Louis XII :

•  Claude của Pháp (13 tháng 10 năm 1499 - 20 tháng 7 năm 1524), người kế vị bà là Nữ công tước xứ Brittany và sau đó cũng trở thành Vương hậu của Pháp với tư cách là vợ của Francis I
• Sảy thai (1500).
• Con trai chết non (21 tháng 1, không rõ năm).
• Sảy thai (cuối năm 1503).
• Sảy thai (1505).
• Sảy thai (1508).
• Sảy thai (1509).
• Renée của Pháp (25 tháng 10 năm 1510 - 12 tháng 6 năm 1574), kết hôn với Ercole II d'Este, Công tước Ferrara, và trở thành Nữ công tước Ferrara.
• Con trai chết non (tháng 1 năm 1512).

Mỗi lần sảy thai hoặc thai chết lưu được cho là đã làm hài lòng Louise của Savoy đầy tham vọng, người con trai của ông là người thừa kế được cho là theo luật Salic. Thậm chí còn tồn tại những tin đồn đương thời rằng Louise đã sử dụng phù thủy để giết con trai của Anne.Thông qua cháu gái Margaret, Nữ công tước xứ Savoy (con gái út của Claude), Anne xứ Brittany là tổ tiên của Vittorio Emanuele, Hoàng tử Naples, gia tộc Savoy hiện tại là kẻ giả danh ngai vàng của Ý. Thông qua cháu gái lớn Claude, Nữ công tước Lorraine (con gái của Henry II của Pháp), Anne cũng là tổ tiên của Karl von Habsburg, người đứng đầu hiện tại của gia tộc Habsburg-Lorraine.Thông qua cháu gái Anna d'Este (con gái lớn của Renée), Anne xứ Brittany cũng là tổ tiên của gia tộc Guise và Savoy-Nemours.